在Anaconda Jupyter笔记本中指定RKernel的R库path

首先让我以这个免责声明为前言:我是R新手,但是是一个长期的Python用户。 鉴于我喜欢conda生态系统和Jupyter笔记本,我正试图将它们设置为我的R开发环境。

因此,使用以下说明: https ://www.continuum.io/blog/developer/jupyter-and-conda-r我已经设置了一个Jupyter Notbook,它使用了一个RKernel,它应该是安装在我的Rpython文件夹(我会认为无论如何)。

获得它的设置很容易,而且对于标准R来说一切都很好,但是我的分析需要一些在R-essentials渠道中不可用的R库。 没问题,我想我知道如何安装一个R库。 我去“C:\ Anaconda \ R \ bin \ x64 \ Rgui.exe”并安装rgdal,dismo和其他软件包。 为了检查我的工作,我查看了C:\ Anaconda \ R \ library,他们在那里。

但是当我从Anaconda命令提示符运行一个jupyter笔记本。 并启动一个新的R笔记本我得到一个“错误库(dismo):没有包叫'dismo'”等一下,我从笔记本运行“.libPaths()”,它看起来像它的指向

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您可以在笔记本开始的代码单元格中添加.libPaths('path_where_your_packages_are') ,以告诉jupyter软件包的位置。 对我来说,是.libPaths('~/R/win-library/3.2') (在github上提交这个问题的 discnerd的解决办法)。

要找出你的软件包的路径,只需要在R中安装一个随机软件包,并等待打印到控制台的位置。


更多细节(可能特定于我的系统/安装):在R中运行.libPaths()时,我得到了两个位置:一个用于写入需要管理员权限,一个用于写入不需要管理员权限。 虽然软件包通过R land安装在不需要管理员权限的位置,但jupyter会查看需要管理员权限的位置。

我想添加这个作为一个评论,但显然我没有得到的信誉。

无论如何,你可以通过installed.packages()找到你的库的路径,