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如何修复符号查找错误:集群环境中未定义的符号错误

我正在研究一些使用GDAL( http://www.gdal.org/ )和它的python绑定从ECW文件中提取一些图像数据的Python代码。 GDAL是从源头上build立起来的,有ECW的支持。 该程序运行在我使用的群集服务器上。 我通过SSHterminaltesting了程序,运行良好。 但是,现在我想使用qsub向集群提交作业,但报告了以下内容: Traceback (most recent call last): File "./gdal-test.py", line 5, in <module> from osgeo import gdal File "/home/h3/ctargett/.local/lib/python2.6/site-packages/GDAL-1.11.1-py2.6-linux-x86_64.egg/osgeo/__init__.py", line 21, in <module> _gdal = swig_import_helper() File "/home/h3/ctargett/.local/lib/python2.6/site-packages/GDAL-1.11.1-py2.6-linux-x86_64.egg/osgeo/__init__.py", line 17, in swig_import_helper _mod = imp.load_module('_gdal', fp, pathname, description) ImportError: /mnt/aeropix/prgs/.local/lib/libgdal.so.1: undefined symbol: H5Eset_auto2 我做了更多的挖掘,并尝试使用LD_DEBUG=symbols来试图找出差异在哪里,但是就我所了解的知识而言, 作为参考,下面是LD_DEBUG=symbols和在sshterminal中运行代码(通过grep H5Eset_auto2pipe道来减less一些输出): 在sshterminal中运行代码的符号debugging输出: 11359: symbol=H5Eset_auto2; lookup […]

错误:找不到gdal-config

请指出我缺less的一点: openSUSE 11.3 anisha@linux-y3pi:~/Desktop/R> sudo R CMD INSTALL rgdal_0.7-12.tar.gz root's password: * installing to library '/usr/lib64/R/library' * installing *source* package 'rgdal' … ** package 'rgdal' successfully unpacked and MD5 sums checked configure: gdal-config: gdal-config checking gdal-config usability… ./configure: line 1353: gdal-config: command not found no Error: gdal-config not found The gdal-config script distributed with GDAL […]

使用pip在python失败中安装模块

我在使用pip安装python模块时遇到了麻烦。 以下是命令窗口的输出: 请注意,在尝试安装GDAL模块之前,我立即安装了pip。 我在运行Python 2.7的W7 64位机器上 Microsoft Windows [Version 6.1.7601] Copyright (c) 2009 Microsoft Corporation. All rights reserved. C:\Users\jnunn\Desktop>python get-pip.py Downloading/unpacking pip Downloading pip-1.2.1.tar.gz (102Kb): 102Kb downloaded Running setup.py egg_info for package pip warning: no files found matching '*.html' under directory 'docs' warning: no previously-included files matching '*.txt' found under directory 'docs\_build' no previously-included directories […]

Windows上的GeoDjango:尝试在您的设置中设置GDAL_LIBRARY_PATH

我已经做了十几次了,但是这个时候有些东西不行 遵循文档: https://docs.djangoproject.com/en/1.11/ref/contrib/gis/install/#windows 我试图在Windows机器上设置GeoDjango(这是在paperspace.com上设置的一个虚拟的Windows 10)。 我的PATH设置似乎有问题,但我不知道它是什么。 我已经运行了说明中突出显示的命令。 我检查了我的PATHvariables,一切似乎都没问题。 我试过将它们指向OSGeo4Win的32位和64位版本。 无论如何,我每次都得到以下输出: C:\Python\lib\site-packages\floppyforms\__init__.py:21: UserWarning: Unable to import floppyforms.gis, geometry widgets not available "Unable to import floppyforms.gis, geometry widgets not available") Traceback (most recent call last): File "manage.py", line 10, in <module> execute_from_command_line(sys.argv) File "C:\Python\lib\site-packages\django\core\management\__init__.py", line 363, in execute_from_command_line utility.execute() File "C:\Python\lib\site-packages\django\core\management\__init__.py", line 337, in execute django.setup() File […]

由org.gdal.ogr.ogrJNI.GetDriverCount()引起的UnsatisfiedLinkError

我正在使用Eclipse(Luna)在Windows 7上开发Java。 我使用gdal进行一些ogr进程,并从eclipse运行应用程序是好的,但是从同一台机器上的命令行运行会遇到问题。 我得到以下内容: Caused by: java.lang.UnsatisfiedLinkError: org.gdal.ogr.ogrJNI.GetDriverCount()I at org.gdal.ogr.ogrJNI.GetDriverCount(Native Method) at org.gdal.ogr.ogr.GetDriverCount(ogr.java:170) 我已经添加了包含dlls和jar在gdal下的所有目录到CLASSPATH和PATH环境。 我认为这可能是图书馆,但我正在使用在Eclipse中的path部署位置。 在eclipse项目的.classpath文件中,我注意到gdal引用有一个名为CLASSPATH_ATTR_LIBRARY_PATH_ENTRY的属性,它链接到gdal \ dll目录,但是我已经在path中包含了这个属性: <classpathentry exported="true" kind="lib" path="dependencies/gdal/bin/gdal/java/gdal.jar"> <attributes> <attribute name="org.eclipse.jdt.launching.CLASSPATH_ATTR_LIBRARY_PATH_ENTRY" value="dependencies/gdal/dll"/> </attributes> </classpathentry> 这是我能看到的唯一区别。 你如何在Windows机器上复制这个或由CLASSPATH和PATH处理? 我需要引用个人DLL吗? 我已经尝试了4通常与gdal.jar一起,但是这并不改变我得到的错误。