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防止R在UNIX / Linux上使用虚拟内存?

简洁版本 有没有办法阻止R在unix机器上使用任何虚拟内存? 每当它发生,这是因为我搞砸了,然后我想中止计算。 更长的版本 我正在与其他几个人共享一个function强大的计算机上的大数据集。 有时候我会发起需要更多内存的命令,导致R开始交换并最终冻结整个机器。 通常我可以通过在~/.bashrc设置一个ulimit来解决这个问题 ulimit -m 33554432 -v 33554432 # 32 GB RAM of the total 64 GB 这会导致R在尝试分配比可用内存更多的内存时抛出错误并中止。 但是,如果在平行化(通常使用snow包)时出现这种错误, ulimit不起作用,机器崩溃。 我想这是因为snow将工作人员作为单独的进程启动,而不是在bash中运行。 如果我尝试在~/.Rprofile设置ulimit ,我只是得到一个错误: > system("ulimit -m 33554432 -v 33554432") ulimit: 1: too many arguments 有人可以帮我找出一个办法来实现这个目标吗? 侧轨 为什么我不能在bash设置一个0虚拟内存的ulimit ? $ ulimit -m 33554432 -v 0 如果我这样做,很快就会closures。

在RHEL上安装R

我的问题类似于这个 – 在Linux CentOS 6.3上安装R的问题 我安装了epel,但是当我运行yum安装R时,我得到了两个依赖问题 – 错误:软件包:R-core-3.0.1-2.el6.x86_64(epel)需要:libjpeg.so.62(LIBJPEG_6.2)(64bit) 错误:包:R-core-devel-3.0.1-2.el6.x86_64(epel)需要:texinfo-tex 我尝试使用rpm文件安装texinfo-tex – http://rpm.pbone.net/index.php3/stat/4/idpl/15993086/dir/scientific_linux_6/com/texinfo-tex-4.13a-8.el6 .x86_64.rpm.html 然而,这把我带入了一个缺less依赖关系的长长的树。 我下载并尝试安装5个不同的rpm文件,每次都有一些缺失的依赖关系。 答:这只是依赖关系树的一个分支。 我想,还有更好的办法。 有人可以帮忙吗? 这一直让我疯狂。 编辑:我正在尝试的另一个选项是从源代码构buildR。 不知道这是否会工作给予缺less的软件包,但。 但是现在却说它找不到一个Fortran编译器(“找不到F77编译器”)。 我安装了gcc,认为它会有一个,但显然不是。

使用Shell脚本自动安装R-Studio

有什么办法可以在Linux系统上自动安装R-Studio? 它应该自动检测操作系统,并安装具有所需依赖项的R和R-Studio。 谢谢..

无法为安装在Linux redhat服务器上的R studio安装Devtools软件包

我无法在devtools Linux服务器上的R Studio中安装devtools软件包。 这些错误信息显示出来: ERROR: configuration failed for package 'RCurl' * removing '/home/xx/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.0/RCurl' Warning in install.packages : installation of package 'RCurl' had non-zero exit status ERROR: dependency 'RCurl' is not available for package 'httr' * removing '/home/xx/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.0/httr' Warning in install.packages : installation of package 'httr' had non-zero exit status ERROR: dependencies 'httr', 'RCurl' are not […]

RODBC不能识别我的odbc设置

我在Red Hat Linux 6服务器上运行R 2.15.2。 我的目标是通过RODBC连接到另一台机器上的MS SQL Server数据库。 我做了我的研究,并从Microsoft支持网站下载并安装了MS SQL ODBC驱动程序的Linux版本。 我从源代码构build了unixODBC版本2.3.0,因为它是Windows驱动程序所需的,而且不在RHL仓库中(回购版本是2.2.14)。 无论如何,经过一些工作,我终于得到了安装和configuration正确的驱动程序,我可以通过isql命令成功连接到SQL Server数据库: $ isql -v test testuser testpass +—————————————+ | Connected! | | | | sql-statement | | help [tablename] | | quit | | | +—————————————+ SQL> 所以我知道我有我的odbc.ini和odbcinst.ini文件正确设置。 但是,当我尝试从R中访问ODBC连接时,会发生以下情况: > test <- odbcDriverConnect('DSN=test;Database=RSQLTest01;Uid=testuser;Pwd=testpass') Warning messages: 1: In odbcDriverConnect("DSN=test;Database=RSQLTest01;Uid=testuser;Pwd=testpass") : [RODBC] ERROR: state […]

R 3.0.2上的install.packages(“devtools”)在Ubuntu 14.04中失败

我正在尝试在Ubuntu 14.04上安装R 3.0.2 devtools软件包,如下所示: install.packages("devtools") 我得到以下结果: Installing package into '/home/jim/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0' (as 'lib' is unspecified) — Please select a CRAN mirror for use in this session — Warning: dependency 'xml2' is not available also installing the dependency 'rversions' trying URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/rversions_1.0.1.tar.gz' Content type 'application/x-gzip' length 4624 bytes opened URL ================================================== downloaded 4624 bytes trying URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/devtools_1.8.0.tar.gz' […]

在linux中用子节点recursion地杀死R进程

我正在寻找一个通用的方法来启动,然后杀死一个R进程,包括可能调用的所有分支或其他进程。 例如,用户像这样运行脚本: library(multicore); for(i in 1:3) parallel(foo <- "bar"); for(i in 1:3) system("sleep 300", wait=FALSE); for(i in 1:3) system("sleep 300&"); q("no") 用户退出R会话后,subprocess仍在运行: jeroen@jeroen-ubuntu:~$ ps -ef | grep R jeroen 4469 1 0 16:38 pts/1 00:00:00 /usr/lib/R/bin/exec/R jeroen 4470 1 0 16:38 pts/1 00:00:00 /usr/lib/R/bin/exec/R jeroen 4471 1 0 16:38 pts/1 00:00:00 /usr/lib/R/bin/exec/R jeroen 4502 4195 […]

如何在R的文件中编写和执行hello world程序?

我在这里看过: http : //cran.r-project.org/doc/FAQ/R-FAQ.html#R-Programming 维基百科显示如何编写一个即时的R程序: http : //en.wikipedia.org/wiki/Hello_world_program_examples#R_2 但是如何从一个文件执行这个? 需要什么扩展? 那么如何编译这个文件呢? 在Linux上。 我创build了一个包含以下代码的文件mow.R : cat ('Hello world!') R说: > source mow.R Error: unexpected symbol in "source mow.R"

如何停止在ctrl + c以外的Linux中运行R命令?

我在Linux下以交互模式运行R,并错误地input了一个需要永久运行的命令。 我通常停止使用Ctrl + C。 但是它并不是一直工作的。 当它不工作,有没有另一种方式? 我不想杀了R会议重新开始。 谢谢。

在Linux中如何更改R中的默认文本编辑器?

我在Linux中使用R进行编程,每次我想通过键入来编辑函数 fix(FunctioName) VI编辑器被使用,对我来说,这不是那么方便,我想改变它,并使其成为一个例如纳米。 我连接到我们的学校服务器,所以我只有壳,没有graphics界面。 先谢谢你。