在Windows7 64位上为Python 2.7安装rpy2

我正在尝试构build并安装rpy2 Python模块。 但有一个错误(见下文)。

我已将R安装在C:\Program Files\R\R-2.15.0\RhC:\Program Files\R\R-2.15.0\include 。 我怎么能告诉setup.pyfind该目录中的R头?

Python和R都是使用Windows 64位的官方二进制文件安装的。

有人可以贡献一个rpy2二进制版本的Windows 64位和Python2.7 64位? Christoph Gohlke出于法律或技术原因说,rpy2不包括在他的Python扩展包的非官方Windows二进制文件中 。 其他人有成功的打击?

谢谢!

鉴于以下过程:

 $ python setup.py build running build running build_py running build_ext returned an empty string. (5 times) 

用R作为一个库的这个configuration:

 include_dirs: () libraries: () library_dirs: ('C:/PROGRA~1/R/R-215~1.0/bin/i386',) extra_link_args: () # OSX-specific (included in extra_link_args) framework_dirs: () frameworks: () 

使用以下命令构build'rpy2.rinterface._rinterface'扩展名:

 C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio 9.0\VC\BIN\amd64\cl.exe /c /nologo /Ox /MD /W3 /GS- /DNDEBUG -DWin32=1 -DCSTACK_DEFNS=1 -I.\rpy\rinterface -IC:\Python27\include -IC:\Python27\PC /Tc.\rpy\rinterface\_rinterface.c /Fobuild\temp.win-amd64-2.7\Release\.\rpy\rinterface\_rinterface.obj _rinterface.c 

给出这个错误:

 .\rpy\rinterface\_rinterface.c(61) : fatal error C1083: Cannot open include file: 'R.h': No such file or directory error: command '"C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio 9.0\VC\BIN\amd64\cl.exe"' failed with exit status 2 

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以下是rpy2 Windows二进制文件,所有Python版本和x86 / x64的链接:

http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#rpy2

我的经验(2.7.9(默认,2014年12月10日,12:28:03)[MSC v.1500 64位(AMD64)]): – 所有二进制安装程序 – 显然rpy2有未指定的依赖项 – 安装numpy和scipy(win_amd64二进制文件)与他们未指定的依赖关系

  1. 安装R,安装需要的软件包
  2. 安装pywin32
  3. “pip安装singledispatch”
  4. “pip install rpy2-2.5.6-cp27-none-win_amd64.whl”
  5. 更新环境,例如os.environ ['R_HOME'] = r'C:\ Program Files \ R \ R-3.1.3'os.environ ['R_USER'] = r'C:\ Python27 \ Lib \ site-packages \ rpy2'

这个链接到二进制文件适用于我,我希望别人觉得它有用: 链接到二进制文件

我尝试了所有这些在我的Windows 10,并没有得到。 当我做了pip ,它说它被安装到我已经使用了几个月的Anaconda版本,但是当我尝试一个import rpy ,它只是给了一个错误。

会放弃,但是我睡了一个晚上,然后从命令行执行以下操作:

  • 删除了我所有的旧的Python实例,包括Anaconda
  • 重新启动
  • 重新安装Anaconda(2.4.1与Python版本2.7.11)
  • 确保python从任何目录的命令行运行
  • 启动了我的“mingw32”bash shell(与git配合的那个)
  • 将我的个人R_HOME环境变量设置为C:\Program Files\R\R-3.2.3
  • http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#rpy2下载rpy2-2.7.5-cp27-none-win_amd64.whl ,如上所示。
  • 将工作目录更改为我的用户Downloads目录
  • 安装它与pip install rpy2-2.7.5-cp27-none-win_amd64.whl
  • 启动python并成功导入和py2

这里是最后一个步骤的屏幕截图:

 mwise@MWISE-OPTO ~/Downloads $ pip install rpy2-2.7.5-cp27-none-win_amd64.whl Processing c:\users\mwise\downloads\rpy2-2.7.5-cp27-none-win_amd64.whl Requirement already satisfied (use --upgrade to upgrade): six in c:\users\mwise\appdata\local\continuum\anaconda2\lib\site-packages (from rpy2==2.7.5) Requirement already satisfied (use --upgrade to upgrade): singledispatch in c:\users\mwise\appdata\local\continuum\anaconda2\lib\site-packages (from rpy2==2.7.5 ) Installing collected packages: rpy2 Successfully installed rpy2-2.7.5 mwise@MWISE-OPTO ~/Downloads $ python Python 2.7.11 |Anaconda 2.4.1 (64-bit)| (default, Dec 7 2015, 14:10:42) [MSC v.1500 64 bit (AMD64)] on win32 Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information. Anaconda is brought to you by Continuum Analytics. Please check out: http://continuum.io/thanks and https://anaconda.org >>> import rpy2 >>> import rpy2.robjects as robjects >>> pi = robjects.r['pi'] >>> pi[0] 3.141592653589793 >>> 

希望这将有助于某人下线…

我正在通过自己的工作。 库等位置表明你正在拿起32位版本i386。 添加“C:\ Program Files \ R \ R-2.15.1 \ include”include目录可能有助于强制解决问题。 这是我得到的最远的:

 building 'rpy2.rinterface._rinterface' extension error: Unable to find vcvarsall.bat 

用MSVC express shell和R x64和msys sh路径。

这是因为你的R包含库不在你的CPPFLAGS环境变量中。 你应该在你的“C:\ Program Files \ R \ R-2.15.0 \ include”中找到Rh文件。 在linux中,你可以把它添加到你的.bashrc中

 export "$CPPFLAGS=-I/path-to-R/include $CPPFLAGS" 

但我不熟悉python和R在Windows中。 这就是我所能帮助的。