例如
bwa sampe ref.fa r1.sai r2.sai r1.fq r2.fq | samtools view -bSho out.bam -; “ – ”的目的是什么？ 字符在最后？ 他们在做什么？ 为什么他们需要？
分号结束命令（结束流水线 ，我相信在技术上是正确的说法）。 如果你愿意的话，你可以用另一个命令来跟着它
bwa sampe ref.fa r1.sai r2.sai r1.fq r2.fq | samtools view -bSho out.bam -; echo Here is another command.
否则，分号是无害的，但可能是不必要的。
关于分号之前的连字符，对于samtools和许多其他命令，它意味着使用标准输入来代替输入文件（或在某些情况下，标准输出代替输出文件）。 这是典型的Linux / Unix用法。
（感谢@phatfingers验证samtools命令的用法。）