我在Windows 7上使用cygwin 。 我有一个约1200个相同types的文件的文件夹（没有子目录）。 我正在尝试通过文件夹，并在每个文件上执行某个操作（它是生物信息alignment）。 这是我正在使用的代码：
$ for file in Project/genomes_0208/*; do ./bowtie-build $file ../bowtie-0.12.7/indexes/abc; done
./bowtie – build是我想要执行的操作。 现在，它完成了文件夹中所有文件的操作，但是在这种情况下，它一直将输出写入同一个文件abc 。
所以最后我只有一个文件的最新输出。 我怎样才能创build1200个不同的文件，每个input一个？ input文件的名称并不重要，只要它们明显不同，就可以是任何东西。
希望我能成功解释这个问题，我会很感激任何帮助！
怎么样：
./bowtie-build $file "${file}.out"
如果您的文件具有唯一的名称，则应该生成唯一的输出文件。