所以我的目标是提取我目录中每个文件的第五行。 我在我的目录中有一堆扩展名(* .gjf)文件,并且在第五行总是“1 0”或“1 1”没有引号。
到目前为止,我知道我可以提取这些值,但不能附加到他们的文件名。 这是我一直在使用的代码。
awk 'FNR == 5' *.gjf 1 1 0 1 0 1 1 1 1 1 0 1
我希望我的parsing文件看起来像这样。
FILNAME: 1AH7A_TRP-16-A_GLU-9-A.gjf, 1, 1, FILNAME: 1AH7A_TRP-198-A_ASP-197-A.gjf, 1 , 1, FILNAME: 1BGFA_TRP-43-A_GLU-44-A.gjf, 0, 1, FILNAME: CXQA_TRP-61-A_ASP-82-A.gjf, 1, 1,
我希望文件名在这些值的前面,因为我想在R中以逗号分隔的值文件的forms运行这些文件的统计信息(而且我非常有能力做到这一点),对我来说,certificate这些文件是非常重要的我的文件中只有两种模式,模式被sorting为“0 1”和“1 0”。
我什至试图列出这些文件
我试过这样做:
grep -l "" *.gjf | awk 'FNR == 5' *.gjf
因为我知道我可以grep文件的存在,并将列表显示在屏幕上。 但我想我只是把它传递给awk,所以它计算。
1 1 1 1 0 1 1 1 etc ...
我认为它只是通过文件awk,所以它打印第n行。 我尝试使用&&而不是|来打印文件的完整列表,然后打印完整的数字列表。 显然我不知道该怎么做。
用GNU awk
gawk -v OFS=", " 'FNR == 5 {print "FILENAME: " FILENAME, $1, $2; nextfile}' *.gjf
是的, FILENAME
是包含正在处理的当前文件名的awk变量。
使用这个循环:
for file in *.gjf; do echo "FILENAME: $file, " $(sed 's/ /,/;s/$/,/;5q;d' "$file") done
sed '5q;d'
提取第五行