对于我的系统: Ubuntu 12.04和R 3.03 ,每当我在R通过安装一个自定义包
>install.packages()
该软件包默认安装为
/home/USER/R/x86_64-pc-linus-gnu-library/3.0/
而不是全系统的
/usr/local/lib/R/site-library/
这是闪存服务器使用该包所需的。
我的临时解决scheme是在事实之后将软件包复制到正确的文件夹中。
问:如何从一开始就设置默认安装path以避免此问题?
是的 – 我认为这是一个misfeature和禁用我的每个用户的目录。
而且,我主要使用脚本install.r
(其中一个版本是可以作为Ubuntu的一部分安装的littler包中的一个示例),它简单地明确地将/usr/local/lib/R/site-library
目录设置为默认。 有了一个补丁,我们进入了R 3.0.2或3.0.3,普通用户可以写入目录,现在将创建可写组的目录,以便其他用户可以更新和覆盖 – 使每个人都成为同一个组的成员,说staff
或admin
。 然后你甚至不需要sudo
或root。
这些年来我几乎在这里回答了同样的问题(减去闪亮的角度,这是不相关的),所以可以自由地搜索另一个更多的细节,例子,…
我会提出一个不同的方法。
问题是shiny-server找不到你安装的软件包,因为它作为一个不同的用户被称为“ shiny
。 这个用户是在安装shiny-server时创建的
最简单(最安全的恕我直言)解决这个问题的办法是安装软件包作为闪亮的用户,使用以下步骤。
sudo passwd shiny
为用户设置密码,现在输入并确认您选择的密码。 su - shiny
$ R
调用$ R
(不用sudo) 请注意,如果您将rstudio-server安装在同一台计算机上,则可以使用该界面执行步骤2-4。 只需进入相同的域名/ IP,使用:8787代替rstudio-server接口,代替:3838代表闪亮服务器。
从我的答案适应在这里