R：apt-get install r-cran-foo与install.packages（“foo”）

在Ubuntu下安装R软件包（在这个例子中是mcmcpack ），我可以select以下两种安装方法：

 # Let the distribution's packaging system take care of installation/upgrades apt-get install r-cran-mcmcpack # Let R take care of installation/upgrades install.packages("mcmcpack")

问题：

安装R软件包的两种方法中有哪一种被认为是“最佳实践”？
假设我首先安装包install.packages("mcmcpack") ，后来apt-get install r-cran-mcmcpack – 我应该预料麻烦了吗？
假设我首先apt-get install r-cran-mcmcpack ，后来在install.packages("mcmcpack") – 我应该期待麻烦吗？

这并不像看起来那么容易。

apt-get update是好的，如果什么时候
- 软件包存在 – 但是CRAN上的2100+软件包中只有大约150个r-cran-*软件包，
- 软件包保持不变，无错误和最新
- 在Ubuntu发行的每两年一次的发行版中，您会感到非常满意
install.packages()和更高版本update.packages()很好，如果和
- 你知道如何安装内置的依赖关系（除了r-base-dev ）
- 你不介意手工运行update.packages()以及apt-get更新。

在我的Ubuntu机器上，我使用第二种解决方案。但是因为如果你有足够的覆盖率 ，第一个更好，我们已经构建了cran2deb ，它提供了amd64和i386的2050+二进制deb包，但是仅用于Debian测试。这是我在家里使用的。

至于你是否应该预料到麻烦的最后一个问题：不，因为/etc/R/Renvironment R_LIBS_SITE被设置为

 # edd Apr 2003 Allow local install in /usr/local, also add a directory for # Debian packaged CRAN packages, and finally the default dir # edd Jul 2007 Now use R_LIBS_SITE, not R_LIBS R_LIBS_SITE=${R_LIBS_SITE-'/usr/local/lib/R/site-library:\ /usr/lib/R/site-library:/usr/lib/R/library'}

这意味着你的软件包进入/usr/local/lib/R/site-library而那些由apt管理的软件进入/usr/lib/R/site-library和（在基本软件包的情况下） /usr/lib/R/library 。

希望澄清事项。 r-sig-debian邮件列表是这样的问题的一个更明智的地方。

我会考虑使用apt-get最佳实践，因为您将通过标准系统工具获得自动更新。
安装2个版本可能会让你陷入混乱的境地：根据你的R设置，你可以加载另一个版本的包，然后你期望 – 你的私有的（也许是过时的）一般应该先加载。
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