Articles of 合并

Linux合并巨大的gzip文件,只保留十字路口

我有一个名为“main.txt”的制表符分隔的文件,我试图从许多多个gz文件,称为“chr1.info.gz”,“chr2.info.gz”,“chr3.info”添加信息到这个文件。 gz“等等,其中包含比主文件更多的行。 注意这些文件是使用gzip压缩的,我不能先解压缩并保存,因为它们是巨大的文件(我没有空间来做这个)。 我想将主文件中名为“name_id”(第6个字段)的列与多个不同文件(第3个字段)中名为“rs_id”的匹配列进行匹配,并添加来自这些文件的附加信息,同时只保留行在主文件中: main.txt文件如下所示: number maf effect se pval name_id 34 0.7844 0.2197 0.0848 0.009585 snp1 78 0.6655 -0.1577 0.0796 0.04772 snp2 chr1.info.gz是这样的: use pos rs_id a1 a2 a3 a4 f 10584 snp34 0 0 0 0 g 10687 snp35 0 0 0 0 t 13303 snp1 0 0 0 0 chr2.info.gz是这样的: use pos […]

使用PDFTK和bash脚本合并具有相似名称的PDF文件

我有一个数百个PDF文件的目录。 所有的PDF文件名以5位数字开头(然后在最后有一堆其他的东西)。 我需要做的是将任何PDF文件合并在一起,以相同的5位数字开头。 关于如何通过shell脚本来做到这一点的想法? 或其他选项? 我在Ubuntu上使用pdftk 。

bash:合并由数字文件名sorting的文本文件

有没有办法用一个bash命令按文件名的数字顺序连接多个文本文件? 我试过这个,但是由于某种原因,前三行不合适 sort -n *txt > all.txt

使用bash / awk将文件A和文件B与困难的字段分隔符合并

类似于我的老问题: 如何合并FileA.txt和FileB.txt给FileB.txt覆盖权力使用bash脚本? 我想合并两个configuration值文件,我也有fileA和fileB。 我希望fileA中的所有行都在fileA中,如果两个文件中都出现相同的configuration键,我希望fileB中的值覆盖fileA中的值。 每行总是以'config'开始,然后是一个键,最后是一个值。 难以实现的部分是,该值可以是带空格的引号string来分隔多个值(请参阅“网站”值)。 我已经有了一些使用awk的经验和一些bash的经验,但是我不能为了我的生活找出一个办法来做到这一点。 所有的帮助表示赞赏。 谢谢 的fileA: config lanIP 10.1.1.1 config wanIP 1.1.1.1 config wanIPMask 255.255.255.255 config website "http://google.com http://yahoo.com" FILEB: config lanIP 192.168.1.1 config wanIP 1.1.1.1 config website "http://google.com http://yahoo.com" config moreWebsite "http://google.com http://msn.com" 预期产出: config lanIP 192.168.1.1 config wanIP 1.1.1.1 config wanIPMask 255.255.255.255 config website "http://google.com http://yahoo.com" config moreWebsite "http://google.com […]

根据两列合并两个文件

我有一个问题非常类似于以前的post: 合并两个文件在unix中的单个列,但我想合并我的数据基于两列(订单是相同的,所以不需要sorting)。 例, subjectid subID2名称年龄 12 121简16 24 241克里斯汀90 15 151克拉克78 23 231 Joann 31 subjectid subID2 prob_disease 12 121 0.009 24 241 0.738 15 151 0.392 23 231 1.2E-5 和输出看起来像 subjectid SubID2 prob_disease名称年龄 12 121 0.009简16 24 241 0.738克里斯汀90 15 151 0.392克拉克78 23 231 1.2E-5乔安娜31 当我使用连接它只考虑第一列(subjectid),并重复SubID2列。 有没有办法join或以其他方式做到这一点? 谢谢

使用xxdiff在Linux中进行合并?

我想为我的合并需要使用xxdiff。 我刚开始使用git,我整合了xxdiff来处理它(git mergetool)。 我的问题是,我找不到任何资源,教会用xxdiff合并分支的基本,所以我进入这个三个文件窗口LOCAL BASE REMOTE,但我不知道从哪里开始合并完成。 任何人都可以指点我一个很好的资源来学习xxdiff快速合并基础知识吗? 非常感谢你。

将rhapsody DiffMerge设置为svn merge-tool

我正在尝试将rhapsody DiffMerge设置为SVN中的合并工具。 在我设置了.subversion / config: [helpers] merge-tool-cmd = /opt/rhapsody/i386/7.5.2.1/DiffMerge "$2" "$3" "$1" 在狂想曲/ DiffMerge我已经设置: #!/bin/bash DIFFMERGE_PATH=/opt/rhapsody/i386/7.5.2.1 DIFFMERGE_EXEC=${DIFFMERGE_PATH}/diffmerge.exe ${DIFFMERGE_EXEC} -xmerge "$2" "$3" -base "$1" -mergeReport mergeReport.logs 使用DiffMerge IBM帮助: http : //pic.dhe.ibm.com/infocenter/rhaphlp/v7r6/index.jsp?topic=% 2Fcom.ibm.rhp.diffmerge.doc%2Ftopics%2Frhp_t_col_specifying_diffmerge_cmdline_syn.html 当冲突出现时: Select: (p) postpone, (mf) mine-full, (tf) theirs-full, (s) show all options: l Invalid option. 有人有这个问题吗? BR亚当

Perforce:基于Linux的3路合并/parsing工具?

我正在寻找一个基于Linux的工具来进行3路合并/parsing,使用Perforce。 我熟悉vim / vimdiff,但我不知道如何将它们用于3路合并。 不pipe怎样,根据你的说法,让我知道什么是Linux上最好的合并/parsing工具。 为了清楚起见,让我补充一点,我更喜欢一个不需要X服务器的工具,即可以通过腻子使用。

从uniq -c合并结果

我有许多命令的结果文件:uniq -c some_file> some_file.out 例如:1.out: 1 a 2 b 4 c 2.out 2 b 8 c 我想合并这些结果,所以我得到: 1 a 4 b 12 c 我认为这种sorting或uniq可以处理它,但我没有看到任何相关的选项。 写一些ruby / perl脚本是要走的路,但是我想用core * nix命令(比如上面提到的sorting和uniq)轻松地做到这一点。 编辑:要清楚。 我没有原始文件,我必须合并* .out文件。 感谢帮助!

Linux awk合并两个文件

我有下面的脚本来结合两个文件。 awk -F"\t" ' {key = $1} !(key in result) {result[key] = $0; next;} { for (i=2; i <= NF; i++) result[key] = result[key] FS $i } END { PROCINFO["sorted_in"] = "@ind_str_asc" # if using GNU awk for (key in result) print result[key] } ' $1 $2 > $3 第一列是关键,并且都是$ 1和$ 2。 但是,如果$ 2列有一个键,但$ 1列没有键。 […]