Articles of numpy

线样条中的值是y,

我想生成一个图表,如下面的链接 http://en.wikipedia.org/wiki/Reaction_coordinate 从安装的python库的计算生成的graphics。 我想这行是顺利的typescspline gnuplot 值E_ads = 234.4211,E_dis = 0.730278和E_reac = -0.8714 任何人都可以帮助我 from ase import * from ase.calculators.jacapo import * import Gnuplot as gp # — Read in all energies datadict = {'H2O' :'water.nc', 'Pt' :'out-Pt.nc', 'H2OPt' :'H2O.Pt.nc', 'OHPt' :'OHPt.nc', 'HPt' :'HPt.nc', } E = {} for label, file in datadict.items(): print 'Reading energy […]

大SVD的Numpy segfault作为用户而不是root

我试图使用numpy的SVD来计算一个大型密集matrix(10k X 10k)的SVD。 我正在使用Linux mint,并且已经构build了针对ATLAS的multithreading版本的numpy。 当我尝试使用我的用户帐户执行此操作时,代码将立即以SegFault退出。 我碰巧再次尝试使用具有root权限的shell,并且操作成功完成。 它似乎不依赖于matrix。 我试过了 A = eye(10000) [U,S,V] = svd(A) 并performance出相同的行为。 我猜这是一个真正的Linux问题,而不是一个numpy的,但我想知道是否有人经历了类似的事情或有一个想法的原因或可能的解决scheme。 我不希望以root身份运行我的代码,原因很明显。

python:numpy运行脚本两次

当我将numpy导入到我的python脚本时,脚本会执行两次。 有人能告诉我如何能阻止这一点,因为我的脚本中的一切都需要两倍的时间? 这是一个例子: #!/usr/bin/python2 from numpy import * print 'test_start' lines = open('test.file', 'r').readlines() what=int(lines[0])+2 nsteps = len(lines)/what atom_list=[] for i in range(0,nsteps*what): atom_list.append(lines[i].split()) del atom_list[:] print 'test_end' 输出是: test_start test_end test_start test_end 那么,我的脚本是先用普通的python执行,然后再用numpy执行? 也许我应该说,我还没有与numpy工作,只是想开始testing它。 干杯

如何在Linux中将MKL库永久链接到Numpy?

我用英特尔的MKL库构build了Numpy(对我来说这是一个艰难的过程,花了我整整一天的时间!)。 Numpy需要通过LD_LIBRARY_PATH环境variables链接到MKL库,或者至less这是我这样做的方式…所以我使用.bashrc中的export来保存path,当我启动一个新的控制台并运行python时, Numpy正确加载了库。 问题是,它不能与我用Pydev开发我的程序的Eclipse一起工作。 我仍然可以在Eclipse的首选项中添加LD_LIBRARY_PATH,但是当我尝试安装Scipy时,问题就变成了现实。 Scipy的安装脚本需要导入Numpy,即使正确设置了LD_LIBRARY_PATH,我仍然无法导入的MKL库出现错误: $ sudo python setup.py install Traceback (most recent call last): File "setup.py", line 208, in <module> setup_package() File "setup.py", line 145, in setup_package from numpy.distutils.core import setup File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/numpy/__init__.py", line 137, in <module> import add_newdocs File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/numpy/add_newdocs.py", line 9, in <module> from numpy.lib import add_newdoc File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/numpy/lib/__init__.py", line 4, […]

保存到磁盘的Python在每个循环之后都会变慢

在Linux系统上,通过numpy.save()保存得到的caching速度超过了1000个循环。 是什么导致这个问题? from time import time import numpy as np arr = np.ones([1080, 1920, 3], dtype=np.uint8) path = "/tmp/testArray.{0}" runrange = range(1000) for i in runrange : t = time() np.save(path.format(i), arr) print time()-t 开始的时候是0.011,然后是0.106,最后是0.19

似乎安装了NumPy 1.8.2和1.10.4,兼容性问题rllab和OpenAI体育馆?

我试图运行环境OpenAI健身房(“健身房”),我在github上find了一些强化学习代码: https : //github.com/rllab/rllab 。 但是,每当我import健身房,我收到一个错误消息: 你已经安装了“numpy”1.8.2版本,但“健身房”至less需要1.10.4 直截了当的权利? 然而,这导致了我的问题1:我开始使用NumPy的后续版本(实际上,我在几天前升级到1.11.1,在降级之前),但是必须降级到版本“0x9”才能工作。 这就是版本1.8.2的来源。 不过,rllab声称与健身房兼容。 但无论如何,我仍然继续,因为也许我可以有更好的运气与版本1.10.4。 因为我没有root权限,我使用: pip install numpy==1.10.4 –user 这样可行。 然后我再次import健身房,但我仍然得到相同的错误信息! 根据python(在shell和在一个IDE),numpy版本仍然是1.8.2。 因此问题2。 总之:1.如果我看到错误,我怎样才能使rllab与健身房兼容? 2.如何卸载不具有sudo权限的1.8.2版本以确保健身房能够运行? 谢谢!

Numpy.genfromtxt方法在Windows而不是Linux中工作

我正在做一些数据处理,我已经在Windows中构build了一个Python的程序,现在我想在我的Linux机器上运行它,所以当我回家喝啤酒时,它可能会紧缩。 一块代码(一个重要的代码)通过Numpy的genfromtxt方法从CSV文件中提取一些列值。 有问题的代码片段是: rfd_values = np.genfromtxt(file_in, delimiter=',', skip_header=1, invalid_raise=0, usecols = cols) 所以这里的想法是,跳过标题,分隔符是一个逗号,并给我只有从列表调用cols列。 这在我的Windows笔记本电脑(相同版本的Python和Numpy,分别是2.6和1.5)上运行得很快,但是当我在Linux中运行时,它告诉我: * TypeError:genfromtxt()得到了一个意想不到的关键字参数'skip_header'* 我试着把所有东西都放在一行上,并且改变了围绕分隔符关键字的引号,但那似乎不起作用。 它可能是愚蠢的,但我似乎无法把它指向它。 我浏览了一大堆论坛和Numpy文档,没有看到任何与我所看到的相近的东西。 我想知道我错过了什么。 我非常感谢任何见解。 提前致谢! -Jeff

在Windowsterminal中获取外部python程序的输出

我正在运行下面的Python代码。 我希望它会在terminal执行一些外部Python代码,并将输出保存在一个numpy数组,然后我可以追加到另一个numpy数组添加一个额外的列。 它在shell中运行外部python命令; 但我找不到一个方法来获取输出,以便我可以将其保存在我的程序中。 这里是代码: import csv import GetAlexRanking #External Method exposed here import subprocess import pandas as p import numpy as np loadData = lambda f: np.genfromtxt(open(f,'r'), delimiter=' ') with open('train.tsv','rb') as tsvin, open('PageRanks.csv', 'wb') as csvout: tsvin = list(np.array(p.read_table('train.tsv'))[:,0]) csvout = csv.writer(csvout) for row in tsvin: count = 0 cmd = subprocess.Popen("python GetAlexRanking.py […]

在Amazon Linux上安装Scipy时出错

从这个链接在Amazon Linux上安装scipy模块时,我一直面临这个错误: (sk-learn)[root@ip-161-31-0-289 ec2-user]# pip install scipy ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++ ++++++++ /home/ec2-user/sk-learn/local/lib/python2.7/dist-packages/numpy/core/include/numpy/npy_1_7_deprecated_api.h:15:2:warning:#warning“使用弃用的NumPy API,禁用它通过“”#定义NPY_NO_DEPRECATED_API NPY_1_7_API_VERSION“[-Wcpp] #warning“使用不推荐的NumPy API,通过”\ ^ {标准input}:汇编器消息: {standard input}:374818:警告:文件结尾不在行尾; 换行插入 {标准input}:错误:在文件末尾打开CFI; 缺less.cfi_endproc指令 g ++:内部编译错误:kill(程序cc1plus) 请提交完整的错误报告, 如果合适的话预处理源代码。 有关说明,请参阅http://bugzilla.redhat.com/bugzilla 。 错误:命令“g ++ -pthread -fno-strict-aliasing -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE = 2 -fexceptions -fstack-protector -param = ssp-buffer-size = 4 -m64 -mtune = generic -D_GNU_SOURCE -fPIC -fwrapv -DNDEBUG -O2 -g […]

Python – ValueError:float()的无效文字:

我有一个csv文件,我试图计算出现在它的每个列的平均值。 #!/usr/bin/python with open('/home/rnish/Desktop/lbm-reference.dat.ref-2013-01-30-13-00-15big.csv', "rU") as f: columns = f.readline().strip().split(' ') numRows = 0 sums = [0] * len(columns) for line in f: values = line.split(" ") print values for i in xrange(len(values)): sums[i] += float(values[i]) numRows += 1 # for index, summedRowValue in enumerate(sums): # print columns[index], 1.0 * summedRowValue / numRows 我得到的错误是: File […]