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推荐使用R安装的Linux Live CD / DVD

那么这个标题就很明显了。 我曾经见过泉天 ,但是很过时,还有UberStudent …还有什么值得一提的吗? 我特别感兴趣的是关于Live CD / DVD的体验,关于计算速度,可用性和类似的东西。 链接,build议,任何你觉得有用的东西都是值得欢迎的! 谢谢!

我如何加载在Linux的特定版本的R?

R 3.0是我的默认版本。 我已经安装了R 2.14,并且想要使用它,这是由于程序包依赖关系造成的。 请注意,软件包不能为3.0构build。 我如何强制ubuntu加载早期版本?

为Linux创build可以安装在不同机器上的R二进制包?

我很确定这是不可能的,因为如果是这样,那么CRAN就会有R Linux二进制包。 为什么不可能? 我们可以创buildR包的Mac和Windows二进制版本,这些tgz / zip文件可以安装在不同的系统上。 为什么我们不能为Linux做同样的事情? 我猜是因为有很多不同的发行版,每个发行版都不一样。 是否可以为Debian / Ubuntu和RHEL / CentOS创build二进制文件? 如果可能的话,我们该怎么做? 谢谢。

为Linux安装R软件包时出错

我试图在R 3.3上安装名为“rgeos”的包,但是当我input install.packages("rgeos") 但它返回给我以下错误(与其他软件包相同,但不是所有软件包): > * installing *source* package 'rgeos' … ** package 'rgeos' successfully unpacked and MD5 sums checked configure: CC: gcc configure: CXX: g++ configure: rgeos: 0.3-19 checking for /usr/bin/svnversion… no configure: svn revision: 524 checking for geos-config… no no configure: error: geos-config not found or not executable. ERROR: configuration failed for package […]

错误:“configuration”存在但不可执行 – 请参阅“R安装和pipe理手册”

Ubuntu,Linux Mint,Debian ERROR: 'configure' exists but is not executable — see the 'R Installation and Administration Manual' Warning in install.packages : installation of package 'e1071' had non-zero exit status 如果你在Linux上遇到上面的错误代码,那么对你来说是一个简单的修复: 为什么会发生这种错误? 由于文件夹R临时存储,即将包文件下载为“标记”为非可执行文件,即noexec。 这意味着在这种情况下,对于给定的包来说,编译是被禁止的。 如何解决它? 我卸载分区/文件夹,将状态更改为可执行文件,然后重新安装。 这里是Ubuntu&Linux Mint的terminal代码: mount -o remount,exec /tmp 如果您想撤销可执行文件设置,请查找以下代码: mount -o remount,noexec /tmp 这可以发生在Windows? 是的,可以,我可以确认同样的问题。 这里的解决scheme有些更好logging: 无法在Windows 7上更新默认库中的R包 C:\ Program Files \ […]

将R从3.02更新为3.2

我在Linux Mint上。 我已经安装了R的3.0.2版本。 我需要使用刚刚发布的库,需要R版本3.2。 http://www.bioconductor.org/packages/devel/bioc/html/CODEX.html 我会怎么做我的R版本更新到3.2? 我试图添加一些存储库到apt,但是不仅它试图安装R 3.1.2,但安装本身不起作用。 The following packages have unmet dependencies: r-base : Depends: r-base-core (>= 3.1.2-1precise0) but 3.0.2-1ubuntu1 is to be installed Depends: r-recommended (= 3.1.2-1precise0) but it is not going to be installed E: Unable to correct problems, you have held broken packages. 然后,我试着从源代码编译3.2,但运行configuration提供了以下错误: configure: error: –with-readline=yes (default) and headers/libs […]

在Linux上build立从RStudio的ssh连接

我正试图从另一台计算机上的文件,在Centos 6 RStudio中的R环境中 我已经尝试了在普通的R第一次,当我问题 readLines(pipe( 'ssh root@XXXX "cat /path/somefile.sh"' )) 它正确地询问我的ssh密钥的密码并读取内容。 但是,如果从RStudio执行相同的命令,我会得到的是: ssh_askpass: exec(rpostback-askpass): No such file or directory Permission denied, please try again. ssh_askpass: exec(rpostback-askpass): No such file or directory Permission denied, please try again. ssh_askpass: exec(rpostback-askpass): No such file or dire Permission denied (publickey,gssapi-with-mic,password). 我怀疑是因为CentOS上的rstudio实际上使用了rstudio-server用户(而gui是在浏览器中提供的)。 有谁知道如何从它正确地访问ssh'd资源? UPD:执行后 Sys.setenv(PATH = paste0(Sys.getenv('PATH'), ':/usr/lib/rstudio-server/bin/postback')) 如下所示,它不会输出askpass错误,但它仍然不起作用。 现在看来,控制台正在等待命令无限期地执行

让R查找库目录中的文件

我在Linux上使用R。 我有一套经常使用的function,并且保存在不同的.r脚本文件中。 这些文件在〜/ r_lib /中。 我想包括这些文件,而不必使用完全限定的名称,而只是“file.r”。 基本上我在c ++编译器中查找与-I相同的命令。 我有一种方法来设置包含文件从R,在.Rprofile或.Renviron文件? 谢谢

R stats – 分配大型matrix/ Linux时的内存问题

我已经阅读了有关R中的内存问题的几个线程,我似乎无法find解决我的问题。 我在一个大数据集的几个子集上运行一种LASSO回归。 对于一些子集,它工作的很好,对于一些较大的子集,它不起作用,错误types为“不能分配1.6Gb大小的向量”。 错误发生在代码的这一行: example <- cv.glmnet(x=bigmatrix, y=price, nfolds=3) 这还取决于包含在“bigmatrix”中的variables的数量。 我在R和R64上试用了Mac和R for PC,但是最近在Linux上使用了更快的虚拟机,以避免任何内存问题。 尽pipememory.limit表示“Inf”,但它仍然有一些限制。 有没有办法做到这一点,或者我必须减lessmatrix中的一些variables或采取更小的数据子集? 我已经读过R正在寻找一些连续的内存位,也许我应该预先分配matrix? 任何想法 ?

在R中捕获pipe道退出状态

我使用R的pipe()函数来捕获shell命令的输出,但是我也想从命令中获得退出代码。 我知道我可以在这里使用system2 ,但是我需要pipe道的优势,即能够以stream方式处理输出。 我正在考虑编写我自己的库来包装popen()和pclose() C函数,以便利用pclose()返回退出状态这一事实,但也许可以避免这种情况。 有什么build议么? 谢谢! 注意 有一定的方法来做到这一点,临时文件,命名pipe道等,但我希望避免这些解决方法。 我愿意编译一个带有R-> C函数的共享库(我甚至愿意复制粘贴部分R源代码),但是我不愿意重buildR. 更新 我开始阅读R源代码,发现未经检查的pclose调用: 在src/main/connections.c : static void pipe_close(Rconnection con) { pclose(((Rfileconn)(con->private))->fp); con->isopen = FALSE; } 我尝试着实现一个R_pclose C函数的方法,它复制close()的R代码,但保存了这个返回值。 我不幸遇到了src/main/connections.c这个静态variables static Rconnection Connections[NCONNECTIONS]; 因为我必须运行objcopy –globalize-symbol=Connections libR.so /path/to/my/libR.so无论如何访问该variables,它看起来像我最好的解决scheme是重buildR与我自己的补丁捕获pclose返回值。