我的大学运行一个condor计算网格（计算节点正在运行Linux），我想用它来在R中运行模拟。问题是只有一些网格上的机器安装了R。 到目前为止，我看到两个选项，但我不知道如何实现任何一个，所以我希望你能帮助我（请记住，我不是一个系统pipe理员，不能做太多改变设置计算节点）：
1）在用我的神鹰提交文件出去的ClassAds中进行检查，要求在具有/usr/bin/R节点上计算作业。
2）将R及其所有依赖包打包到一个独立的目录中，这个目录可以发送到计算节点，并且可以运行我的仿真。 我已经尝试了几个小时来做到这一点，但Linux版本的R（与OSX和Windows版本不同）似乎针对分布在整个文件系统中的库运行，而且我想不出一个实际的方法来收集它们都进入了R可以find它们的位置。
有任何想法吗？ 提前致谢。
最终为我工作的是提出的解决方案（1）。 在这里，我将讨论如何在我的condor提交文件和我的worker shell脚本中实现（1）。
这是shell脚本。 重要的改变是通过if [ -f /usr/bin/R ]检查R是否安装在计算节点上。 如果找到了R，我们沿着一条以返回值0结束的路径。如果找不到R，我们返回1（这就是exit 0行和exit 1行的含义）。
mkdir output if [ -f /usr/bin/R ] then if $(uname -m |grep '64') then Rscript code/simulations-x86_64.r $* else Rscript code/simulations-i386.r $* fi tar -zcvf output/output-$1-$2.tgz2 output/*.csv exit 0 else exit 1 fi
现在神鹰提交文件。 关键的变化是倒数第二行（ on_exit_remove = (ExitBySignal == False) && (ExitCode == 0) ）。 它检查来自计算节点的每个作业的返回值 – 如果返回值不是零（即，如果在计算节点上找不到R），则作业将被放回到队列中以重新运行。 否则，该作业将被视为已完成并从队列中删除。
universe = vanilla log = logs/log_$(Cluster)_$(Process).log error = logs/err_$(Cluster)_$(Process).err output = logs/out_$(Cluster)_$(Process).out executable = condor/worker.sh arguments = $(Cluster) $(Process) requirements = (Target.OpSys=="LINUX" && regexp("stat", Machine)) should_transfer_files = YES when_to_transfer_output = ON_EXIT_OR_EVICT transfer_input_files = code, R-libs, condor, seeds.csv transfer_output_files = output notification = Never on_exit_remove = (ExitBySignal == False) && (ExitCode == 0) queue 1800
哇，好吧，这比我想象的要难。 我们从建议的解决方案（2）开始：
在哈德利的建议下，我用Renv把R安装到一个已知的本地目录（也使用R-build来构建R-2.15.2）。 不幸的是，这个本地安装仍然依赖于像/usr/lib这样的系统级库。
MvG建议把当地的R装置拔出来。 这是一个包含所有必要系统库的本地副本的方法，可能适用于大多数面对我情况的人。 但是，我的R代码依赖于几个仅与R > = 2.15兼容的R包。
于是我把所有的库从圣人的lib目录中取出，并把它们复制到Renv的R-2.15.2安装中。 这可能会奏效，但是我的大学神鹰网格上的一些机器必须有一个奇怪的架构，因为大约有十分之一的作业回来了，并且错误地尝试着使用错误版本的libc.so 在这一点上，我放弃了提出的解决方案（2），并转向提出的解决方案（1）。