我想使用CoNIFER，这是一个生物信息学的Python程序。
所以，我写了一个qsub的脚本，因为我的研究所的规则。
这是我的qsub脚本。 我在前面插入input – 显示清楚。
#!/bin/bash #$ -N oh #$ -cwd cd /usr/etc/GRAPE_ENV/Python/ python /home/osj118/tools/conifer_v0.2.2/conifer.py rpkm --probes/home/osj118/input/GBM/Gastric/Exome_probe/Exome_probe_capture_library_coordinate.txt --input /scratch/Gastric_cell_bam/AGS_2.fastq.gz_Illumina_exome_Exome.RGadded.marked.realigned.fixed.recal.bam --output /home/osj118/output/AGS_rpkm.txt cd /home/osj118/pyscripts CoNIFER没有工作，并显示错误信息
ImportError：没有名为argparse的模块
我已经使用sys.append.path函数，但它没能解决我的问题。
奇怪的是，当我运行批量作业时，CoNIFER正常工作，没有任何错误信息。
由于批量作业违反规则，我想使用qsub在Linux服务器上工作。
请给我任何解决这种情况。
这闻起来像一个pythonpath问题。 pythonpath决定python在哪里可以找到所需的模块。 如果您将CoNIFER与其使用的软件包一起安装到目录中，那么只有在pythonpath中才会找到这些软件包。
你可以像下面这样指定python路径：
export PYTHONPATH = /安装CoNIFER的目录
最终，它没有解决错误问题。
但是，当我手动添加CoNIFER脚本中的以下代码时，它工作。
import sys sys.path.append(where your library located)
我不知道什么是错的。
但是，对于类似的情况，这应该是一个临时的，快速的解决方案。