在Windows上安装Rcartogram

Rcartogram是一个R包（Duncan Temple Lang），主要目的是为一些C代码（由Mark Newman编写）提供一个R包装，它实际上是构建一个cartogram（又称为地图）的工作。 Mark Newman编写的C代码使用FFTW（西方最快的傅立叶变换）编译库。

Truc Viet Le在你的问题中的链接描述了如何在Unix系统上安装Rcartogram。 将Rcartogram放到Windows系统上还有一些额外的技巧和陷阱，尽管其核心是几乎相同的过程。

要在Windows系统上安装Rcartogram，您需要先安装所有先决条件，即：

• Rtools程序套件（您需要能够在Windows机器上安装任何涉及C代码的R软件包），以及
• FFTW库（Rcartogram代码使用）。

然后，当您首次安装Rcartogram时，您需要告诉R哪里可以找到FFTW库，并且您几乎可以肯定需要让R知道在何时查找FFTW库，例如在R会话中通过library(Rcartogram) R library(Rcartogram) 。

我发现我还需要对Rcartogram R代码进行一些非常小的更改（主要是为了使其与R语法写入后的更改保持一致），以便使其安装愉快，并在Windows上正确运行。

所以完整的答案涉及几个步骤。

第1步：安装Rtools套件

我怀疑你需要安装Rtools才能通过状态127错误。 关于如何做的官方说明在这里http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-admin.html#The-Windows-toolset 。 有关于如何将Rtools安装到Web上其他位置的Windows系统的用户友好的解释 – 例如https://github.com/stan-dev/rstan/wiki/Install-Rtools-for-Windows 。 （官方说明告诉你如何安装其他许多东西，如果你想从Windows上的源代码构建R本身，或者使用LaTeX生成包文档，但是你不需要所有的东西来获得R视图加工）。

稍微长一点的答案：我现在可以复制你的status 127 error —通过从我的路径删除Rtools居住的目录的引用。 当我这样做时，Windows cmd shell（你可能键入R CMD INSTALL …找不到Rtools可执行文件，并导致127错误信息。同样尝试从R内运行install.packages()也以同样的方式失败，因为在install.packages调用Windows cmd shell。

你为什么需要Rtools？ Rcartogram是一个包含C代码和纯R代码的软件包。 实际上它主要是C代码 – 来自Mark Newman。 从源代码安装包含C代码的包需要一个C编译器。 事实上，最好的（几乎是必不可少的），就是它本身就是从同一个C编译器编译而来的。 这就是Rtools的主要功能 – 可安装在C编译器的Windows版本上。 在Windows中运行C编译器需要一些额外的shell命令（又名小程序），这就是Rtools的其余部分。 大多数（开源）C社区似乎在Unix（或其变种）世界中工作，这些额外的命令（甚至C编译器本身）是Unix中“标准”系统的一部分。 只有我们这些在Windows上工作的人需要安装Rtools，这是从Unix到Windows的必要工具的一个端口。

第2步：安装FFTW库

最初我从这里http://www.fftw.org/获得了FFTW库。

有两个版本，一个32位版本和一个64位版本。 在Windows 64位机器上，你需要两个版本。 （另外，也可能有一种方法，你可以逃脱只有一个，通过设置标志，当你安装Rcartogram，但我还没有测试过自己的路线）。 将32位版本解压缩到子目录/i386 ，将64位版本解压缩到子目录/x64 。 在我的情况下（见下文），我把它们作为“C：/ msys / fftwtest”的子目录。 （除了这些子目录是R使用的约定 – 理论上你可以把它们放在其他地方，但是为什么还要增加复杂性呢？）。

一个困扰我一段时间的陷阱是，这些库是动态库（即.dll），所以 – 后来 – 我需要确保当我把它们安装在我的电脑上时，我把它们放在我的位置上PATH（或者我改变了我的PATH通过添加在地点 – 又名目录 – 他们被安装），否则我得到了非常无益的错误信息在R完成安装包之前做的最终检查。 32位和64位（子）目录都应该包含在PATH中。

步骤3：告诉R哪里可以找到FFTW库

告诉R（在Windows机器上）当试图安装Rcartogram时，在哪里找到FFTW库的技巧是将src/Makevars.win文件添加到Rcartogram软件包的src子目录中。 这意味着您必须解压并解压缩Rcartogram tar.gz文件，然后才能进行此更改。 （另外：我使用7zip解压缩我的机器上的这些类型的文件）。

我的src / Makevars.win文件（它是一个文本文件）有2行，

 PKG_CPPFLAGS=-I"C:\msys\fftwtest\x64\include" -DNOPROGRESS PKG_LIBS=-L"C:\msys\fftwtest\x64\lib" -L"C:\msys\fftwtest\i386\lib" -lfftw3 -lm 

引号中的文件名是我把我的版本的FFTW库。 （这些并不完全是我下载的，沿着我学习如何从源代码编译FFTW的方式，并且制作了我自己的副本，但是解释怎么做是一个looong的故事，所以我不会在这里尝试）。

PKG_CPPFLAGS行中提到的目录是包含C预处理器所需的称为fftw3.h的头文件的目录。 无论您是指向32位（\ i386子目录）还是64位（\ x64子目录），fftw3.h文件都是C源文件并且无论R安装的架构都是相同的。

PKG_LIBS行中提到的2个目录是可以找到名为libfftw3.something的文件的那两个目录，并且在编译步骤结束时将所有内容放在一起时链接器需要。 可能是“.dll”（在这种情况下，子目录可能是\ bin而不是\ lib），或者它可能是“.a”或“.la”（这是R使用静态FFTW库这是我在学习如何从源代码编译FFTW后创建的）。

需要2个目录，因为R默认情况下会尝试在Windows机器上安装32位和64位版本的Rcartogram。 如果您以.dll格式提供FFTW库文件，那么这些文件必须在PATH中完全相同（因为当您尝试执行库（Rcartogram）时，R需要在加载安装时再次找到FFTW dll库Rcartogram软件包）（另外，这就是为什么最后编译我自己的静态FFTW库，所以我不必在Windows环境中弄乱我的PATH变量）。

如果从上面的链接中使用下载的二进制文件，则fftw3.h和libfftw3.dll文件全部位于同一个（子）目录中， 而 libfftw3.dll文件实际上称为libfftw3-3.dll ，因此在此如果你的src / Makevars.win文件需要是：

 PKG_CPPFLAGS=-I"main libfftw directory\x64" -DNOPROGRESS PKG_LIBS=-L"main libfftw directory\x64" -L"main libfftw directory\i386" -lfftw3-3 -lm 

与我的src / Makevars.win的主要区别是：

• 插入您的main libfftw directory的名称 – 即您解压缩下载的FFTW二进制文件时创建/i386和/x64子目录的父目录
• 删除\include和\lib子子目录，
• 将-libfftw3更改为-libfftw3-3 （还要注意，在-L和-l标志的起始处每个- （负号）前面必须有一个空格）。

什么是Makevars.win文件在做什么？ 当它试图预处理，编译和链接Rcartographer的src子目录中的C代码时，它告诉R安装进程它将需要的标志 。 PKG_CPPFLAGS的值是C预处理器的一组标志， PKG_LIBS的值是链接步骤的一组标志。

• -I是一个标志，表示在C预处理程序正在寻找包含文件时，试着查看下面的目录，所以在上面的例子中，它要求查看"main libfftw directory\x64" 。 它所搜索的包含文件是fftw3.h （该文件名被埋在R图的C代码中）
• -L标志说：“当连接器正在从你期望使用的任何库中查找文件时，尝试查看以下目录”，因此-L"main libfftw directory\x64"表示尝试查看"main libfftw directory\x64"目录。 你可以（也需要）在这个搜索路径上有多于一个的目录 – 链接器只是一直查找，直到找到它正在查找的内容（或者用完的地方去寻找并给出错误信息），以及
• -l标志给出了链接器应该查找的库文件的名称，但是不是逐字的—而是这个名字是从你在unix世界中对一个（稍微疯狂的）公约中输入的内容构建的。 因为库的文件名总是以“lib”开头，所以这个约定的第一部分就是你把“lib”放在你放入标志的名字之外。 库的文件名可以有多个不同的扩展名（例如“.dll”或者“.a”），所以这个约定的第二部分是你离开文件的扩展名，让链接器分清它想要的东西。 所以–lfftw3说找一个名为libfftw3.dll的文件或者一个名为libfftw3.a （可能还有其他可能的扩展名，我不确定）。

下载的DLL实际上叫做libfftw3-3.dll ，（不像我自己编译的那个，叫做libfftw3.a ），因此需要将–l标志改为–lfftw3-3

注意如果您使用的是下载的使用.dll的FFTW库，请确保您已将它们放在PATH上（请参阅步骤2的最后一段）。

步骤4：修复Rcartogram C代码

还有另外两个小小的变化，我不得不对Rcartogram代码本身进行运行。

首先在文件R / cart.R中有两行，两行都使用.Call( )函数。 我需要为.Call函数添加一个参数（即PACKAGE = "Rcartogram" ），例如

 tmp = .Call("R_makecartogram", popEls, x, y, dim, as.numeric(blur)) 

成为

 tmp = .Call("R_makecartogram", popEls, x, y, dim, as.numeric(blur), PACKAGE = "Rcartogram") 

同样，更进一步的购物.Call变成了

 .Call("R_predict", object, as.numeric(x), as.numeric(y), ans, dim(object$x), PACKAGE = "Rcartogram") 

其次，再次在R / cart.R，我不得不改变

 tmp = rep(as.numeric(NA), length(x)) ans = list(x = tmp, y = tmp) 

至

 # Avoid problems with the same vector (tmp) being sent to C twice due to R's # copy-on-modify rules tmp_x = rep(as.numeric(NA), length(x)) tmp_y = rep(as.numeric(NA), length(y)) ans = list(x = tmp_x, y = tmp_y) 

这一个花了我很多的工作来发现，但没有它，Rcartogram的演示给了错误的结果（即使它运行正常）。

第5步：实际上安装Rcartogram

您现在应该可以安装Rcartogram。 或

• 通过打开cmd窗口，将目录（ cd ）更改为解压缩和修改的Rcartogram软件包源代码所在的位置，然后键入R CMD INSTALL --preclean . 要么

• 通过启动R会话，将工作目录设置到Rcartogram源的任何位置，然后输入install.packages(".", repos = NULL, type = 'source', INSTALL_opts = "--preclean")

的. 因为您已将cd编辑到Rcartogram源代码所在的目录。 --preclean标志告诉R整理任何剩余的中间文件，从早期的（失败的）尝试在开始之前编译R视图中的C代码。 如果你得到这么多，仍然有麻烦，还有一个可以添加 – --debug标志。 它给出了有关为什么安装失败的更多细节。

第6步：享受变形地图

我刚刚开始实际使用Rcartogram（我花了一段时间才弄到这么远！），但是你可能想看看getcartr — R包 。 该软件包使用Rcartogram，看起来很整洁！ 在github网站上给出的安装说明对我来说是第一次（我已经有devtools安装和工作了）。

希望这有助于（并祝贺读过这个的人）

2017年5月更新

我已经有几年没有这个工作（所以不能保证它仍然会工作），但是在我写了上面的帖子之后，我在https://github.com/Geoff99/Rcartogram创建了一个RCartogram的分支副本/ tree / WindowsInstall 。

请参阅包含的WindowsInstall分支

• 一个严重的评论src/Makevars.win意味着更容易在Windows上安装RCartogram和
• 这是一个比vignettes/README.WindowsInstall.Tutorial.Rmd的上述文章更全面的教程。 请参阅以下链接https://github.com/Geoff99/Rcartogram/blob/WindowsInstall/vignettes/README.WindowsInstall.Tutorial.Rmd

（要使用本教程，您需要使用分叉存储库的WindowsInstall分支！）

要安装Rcartogram，您需要从网站http://www.omegahat.org/Rcartogram/下载软件包并从源代码安装。 打开终端（在Windows中称为命令提示符），将目录切换到下载文件所在的位置，然后键入：R CMD INSTALL Rcartogram_0.2-2.tar.gz

该命令是从源代码安装一个R包。 你将需要一个工作C编译器的目的。 从你的错误信息看来，你的C编译器有一些问题。 确保它是否有效（或者你有）。 看看这个问题： C编译器的Windows？