如何设置R的环境variables在RedHat Linux（RHEL6）上的Tomcat中使用

我试图在RHEL6上设置R和Tomcat（6.4）

我已经安装了R，可以运行它。我已经安装了Tomcat 7并且可以托pipe文件文件。我将应用程序打包为一个WAR文件，并使用tomcat进行部署。应用程序运行良好，直到它使用任何R组件。

这是它在catalina.out中看到的以下错误崩溃的地方：

Cannot find JRI native library! Please make sure that the JRI native library is in a directory listed in java.li brary.path. java.lang.UnsatisfiedLinkError: /usr/local/lib64/R-2.15.3/library/rJava/jri/libj ri.so: libR.so: cannot open shared object file: Too many levels of symbolic link s at java.lang.ClassLoader$NativeLibrary.load(Native Method) at java.lang.ClassLoader.loadLibrary0(ClassLoader.java:1750) at java.lang.ClassLoader.loadLibrary(ClassLoader.java:1675) at java.lang.Runtime.loadLibrary0(Runtime.java:840) at java.lang.System.loadLibrary(System.java:1047) at org.rosuda.JRI.Rengine.<clinit>(Rengine.java:19)

我有RJava下安装R：install.packages（“rJava”）它安装正常，我有R的库里面的R库文件夹。

我在/ etc / profile中定义了以下内容：

 export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-1.6.0-openjdk-1.6.0.0.x86_64/jre export R_HOME=/usr/local/lib64/R-2.15.3 PATH=$PATH:$HOME/bin:$JAVA_HOME/bin:$R_HOME/bin export PATH export LD_LIBRARY_PATH=$R_HOME/lib/libR.so,$JAVA_HOME/lib/amd64/server/libjvm.so

据我的理解，应该为服务器上的所有用户全局设置JAVA_HOME，R_HOME，PATH和LD_LIBRARY_PATH。我知道Tomcat在root下运行，我可以通过“ echo $JAVA_HOME ”，“ echo $R_HOME ”，“ echo $LD_LIBRARY_PATH ”，“ echo $PATH ”来确认root能够看到上面所有的path。

所以我不知道为什么它抱怨说无法打开这些.so文件。

另外，当它崩溃了，它closures了Tomcat。

谢谢！

当我在tomcat中使用R库时，我遇到了同样的问题。找不到R_HOME。

解决的办法是更新一个为tomcat设置路径的文件，因为tomcat设置自己的变量。该文件是“yourPathToTomcat / tomcat / bin / setclasspath.sh”，打开它并在最后添加“export R_HOME = yourPathToR”（就像你在linux环境中添加的那样，例如：export R_HOME = / usr / lib / R）。然后你可以运行你的应用程序，它会工作。希望它可以帮助某人。：d

要从Java使用R，您需要安装JRI。幸运的是，JRI现在是rJava的一部分，并且已经安装了。

JRI将需要自己的本地共享库，它已经与rJava一起安装。要找到与rJava一起安装的JRI，请使用

  system.file("jri",package="rJava")

从R [命令行]里面。上面的命令会给你一个路径。你将能够找到

libjri.so

这是JRI正在寻找的共享库。你可以通过JAVA_OPTS指定这个路径

  -Djava.library.path=${path-retrieved-from-R}

这将在Tomcat初始化时传递给JVM设置。

如果您正在使用多个库，请将相应的库路径java选项分组。