我对UNIX编程非常非常陌生（通过terminal在MacOSX Mountain Lion上运行）。 我一直在从生物信息学和分子方法课程（我们有两个类）中学习基础知识，最终将使用perl和python进行数据pipe理。 无论如何，我们的任务是编写一个shell脚本，从一组文件中获取数据，并将其写入一个可以被特定程序（Migrate-N）读取的格式的新文件中。
当我将它们键入到命令行时，我已经获得了许多独立完成所需function的function，但是当我将它们放在脚本中并尝试运行时，出现错误。 这里是细节（我对这个长度表示歉意）：
#! /bin/bash grep -f Samples.NFCup.txt locus1.fasta > locus1.NFCup.txt grep -f Samples.NFCup.txt locus2.fasta > locus2.NFCup.txt grep -f Samples.NFCup.txt locus3.fasta > locus3.NFCup.txt grep -f Samples.NFCup.txt locus4.fasta > locus4.NFCup.txt grep -f Samples.NFCup.txt locus5.fasta > locus5.NFCup.txt grep -f Samples.Salmon.txt locus1.fasta > locus1.Salmon.txt grep -f Samples.Salmon.txt locus2.fasta > locus2.Salmon.txt grep -f Samples.Salmon.txt locus3.fasta > locus3.Salmon.txt grep -f Samples.Salmon.txt locus4.fasta > locus4.Salmon.txt grep -f Samples.Salmon.txt locus5.fasta > locus5.Salmon.txt grep -f Samples.Cascades.txt locus1.fasta > locus1.Cascades.txt grep -f Samples.Cascades.txt locus2.fasta > locus2.Cascades.txt grep -f Samples.Cascades.txt locus3.fasta > locus3.Cascades.txt grep -f Samples.Cascades.txt locus4.fasta > locus4.Cascades.txt grep -f Samples.Cascades.txt locus5.fasta > locus5.Cascades.txt echo 3 5 Salex_melanopsis > Smelanopsis.mig echo 656 708 847 1159 779 >> Smelanopsis.mig echo 154 124 120 74 126 NFCup >> Smelanopsis.mig cat locus1.NFCup.txt locus2.NFCup.txt locus3.NFCup.txt locus4.NFCup.txt locus5.NFCup.txt >> Smelanopsis.mig echo 32 30 30 18 38 Salmon River >> Smelanopsis.mig cat locus1.Salmon.txt locus2.Salmon.txt locus3.Salmon.txt locus4.Salmon.txt locus5.Salmon.txt >> Smelanopsis.mig echo 56 52 24 29 48 Cascades >> Smelanopsis.mig cat locus1.Cascades.txt locus2.Cascades.txt locus3.Cascades.txt locus4.Cascades.txt locus5.Cascades.txt >> Smelanopsis.mig greps系列只是将每个位点的DNA序列数据提取到新的文本文件中。 Samples … txt文件具有站点的示例ID号，.fasta文件具有按样本ID组织的序列信息; 如果我单独运行它，grep在命令行中工作得很好。
第二组代码创build了我需要以.mig结尾的实际新文件。 回波线是程序需要信息的计数数据（每个基因座的碱基对，分析人群，每个站点的样本等）。 猫线将按照由回波线指定的站点特定信息下面的所有格点创build的站点数据将轨迹混合在一起。 你毫无疑问得到的图片。
为了创buildshell脚本，我已经在Excel中启动了，所以我可以轻松地复制粘贴/自动填充单元格，保存为制表符分隔的文本，然后在TextWrangler中打开该文本文件，将其保存为.sh文件之前删除标签（Line在与脚本中使用的所有文件相同的目录中打破：Unix（LF）和Encoding：Unicode（UTF-8））。 我已经尝试使用chmod +x FILENAME.sh和chmod u+x FILENAME.sh来尝试确保它是可执行的，但无济于事。 即使我把脚本简化为一个grep行（用＃！/ bin / bash第一行），我也无法使它工作。 这个过程只需要一点时间，直接input到命令行中，因为这些文件都不大于160KB，而有些文件却明显更小。 这是我input的内容，当我尝试运行文件时（HW是正确的目录）
localhost:HW Mirel$ MigrateNshell.sh -bash: MigrateNshell.sh: command not found
我已经在这两天了，所以任何input将不胜感激！ 谢谢！！
出于安全原因，shell将不会搜索当前目录（默认情况下）可执行文件。 你必须是具体的，并告诉bash你的脚本在当前目录（ . ）中：
$ ./MigrateNshell.sh
如Marc B指出的，将第一行更改为以下内容
#!/bin/bash
然后将脚本标记为可执行文件并从命令行执行
chmod +x MigrateNshell.sh ./MigrateNshell.sh
或者简单地通过传递脚本的命令行来执行bash作为参数
/bin/bash MigrateNshell.sh
确保你没有使用“PATH”作为变量，这将覆盖环境变量的现有路径。
也尝试dos2unix的shell脚本，因为有时它具有Windows行结束和shell不能识别它。
$ dos2unix MigrateNshell.sh
这有时帮助。
关于在剧本的开始部分添加剪贴线有一些好的评论。 我想添加一个建议来使用env命令 ，以增加可移植性。
虽然#!/bin/bash可能是系统上的正确位置，但这不是通用的。 另外，这可能不是用户的首选 bash。 #!/usr/bin/env bash将选择在路径中找到的第一个bash。
#! /bin/bash ^---
删除指定的空间。 该shebang应该是
#!/bin/bash
Unix有一个名为PATH的变量，它是查找命令的目录列表。
$ echo $PATH /usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/usr/local/bin:/Users/david/bin
如果我在命令行键入一个命令foo ，我的shell将首先看看是否有一个可执行的命令/usr/local/bin/foo 。 如果有，它将执行/usr/local/bin/foo 。 如果没有，它会看到是否有一个可执行的命令/usr/bin/foo ，如果不存在，它会查看/bin/foo存在等，直到它到达/Users/david/bin/foo 。
如果在这些目录中找不到foo命令，它会告诉我找不到命令 。
有几种方法可以处理这个问题：
bash foo因为foo是一个shell脚本。 /Users/david/foo或$PWD/foo或者只是纯粹的./foo命令时，包括目录名称。 $PATH变量，将包含命令的目录添加到PATH。 如果.bash_profile不存在，您可以修改$HOME/.bash_profile或$HOME/.profile 。 我这样做是为了添加/usr/local/bin ，我首先放在我的路径中。 这样，我可以覆盖OS中的标准命令。 例如，我有Ant 1.9.1，但Mac带有Ant 1.8.4。 我把我的ant命令放在/usr/local/bin ，所以我的ant版本会先执行。 我还为我自己的命令添加了$HOME/bin到PATH的末尾。 如果我有一个像你想执行的文件，我会把它放在$ HOME / bin来执行它。
还要确保/ bin / bash是bash的正确位置….如果你从某个地方拿过那行，可能与你的特定服务器不匹配。 如果你为bash指定了一个无效的位置，你将会遇到问题。
在.profile路径中添加以下行
PATH=$PATH:$HOME/bin:$Dir_where_script_exists export PATH
现在你的脚本应该没有./
拉杰·达格拉
尝试chmod u+x MigrateNshell.sh
第一：
chmod 777 ./MigrateNshell.sh
然后：
./MigrateNshell.sh
或者，将您的程序添加到$ PATH变量中的目录中。 示例： 路径变量示例然后允许您在没有./情况下调用程序